GENETIC VARIABILITY OF AFRICAN SWINE FEVER VIRUS AND ITS IMPACT ON MOLECULAR DIAGNOSTICS

Abstract

African swine fever (ASF) is a transboundary viral disease affecting domestic pigs and wild boar. Although ASF vaccines have been approved in a limited number of countries, their broader use remains restricted; therefore, validated real-time PCR (qPCR) remains a principal method for African swine fever virus (ASFV) detection. Genetic variation in ASFV, including single-nucleotide polymorphisms, insertions/deletions, and tandem repeats, may affect primer- and probe-binding sites and compromise assay performance. This review evaluates sequence variability in key diagnostic and typing loci, including B646L (p72), E183L (p54), EP402R (CD2v), and the Central Variable Region of B602L, focusing on its implications for molecular detection and false-negative results. The review emphasizes continued genomic surveillance and periodic in silico assessment of diagnostic oligonucleotides, particularly in regions such as Kazakhstan, where genomic data remain limited. Multiplex approaches combining conserved targets with appropriate internal controls may improve diagnostic robustness when adequately validated. Африканская чума свиней (АЧС) – это трансграничное вирусное заболевание, поражающее домашних свиней и диких кабанов. Хотя вакцины против АЧС были одобрены в ограниченном числе стран, их широкое применение по-прежнему ограничено; поэтому проверенная ПЦР в реальном времени (qPCR) остается основным методом выявления вируса африканской чумы свиней (ASFV). Генетическая вариабельность ASFV, включая однонуклеотидные полиморфизмы, вставки/делеции и тандемные повторы, может влиять на сайты связывания праймеров и зондов и ухудшать эффективность анализа. В данном обзоре оценивается вариабельность последовательностей в ключевых диагностических и типирующих локусах, включая B646L (p72), E183L (p54), EP402R (CD2v) и центральную вариабельную область B602L, с акцентом на их влияние на молекулярное обнаружение и ложноотрицательные результаты. В обзоре подчеркивается необходимость постоянного геномного мониторинга и периодической in silicoоценки диагностических олигонуклеотидов, особенно в таких регионах, как Казахстан, где геномные данные по-прежнему ограничены. Мультиплексные подходы, сочетающие консервативные мишени с соответствующими внутренними контрольными маркеры, могут повысить надежность диагностики при надлежащей валидации.